Kesatuan masyarakat hukum adat di Kabupaten Malaka, sebagai bakal terbentuknya pemerintahan Desa, Masyarakat Malaka terdiri atasbeberapa suku yang dari kesatuanrumah suku menjadi kesatuan masyarakatluas yang disebut kenaian. Struktur kenaian memiliki fungsidan arti dari rumah suku yang menjadi suatu sistim kemasyaratan. Kehidupan masyarakat Weoe sehari-hari dikendalikan oleh kenaian Wewiku yakni seorang raja dari Wetulan.

          Untuk menjawab terbentuknya desa gaya baru yang sudah terpisah dari kenaiandan menjadi satu desa yang mengurus rumah tangganya sendiri maka Fukun Katuas Weoe bersama tokoh masyarakat bermusyawarah dan bersepakat mnetapkan nama Desa Weoe. Hal ini dilakukan masyarakat Weoe sebagai tindaklanjut terhadapKeputusan Bupati Kepala Daerah Tingkat II Belu Nomor 6 tahun 1966 tentang pembentukan desa gaya baru diseluruh Kabupaten Daerah Tingkat II Belu. Keputusan Bupati Belu ini juga sebagai tindaklanjut terhadap Instruksi Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur  tertanggal 20 November 1964 sebagaimana dari Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur Nomor 66 / I / 61 tertanggal 28 Januari 1962tentang Pembentukan wilayah PemerintahanKecamatan di Provinsi Nusa Tenggara Timur.

          Demi kelancaran roda pemerintahan desa di Weoe, Fukun Katuas bermusyawarah dan berhasil menetapkan saudara ALFONSIUS BRIA ATOK sebagai Kepala Desa pertama dengan kewenangan selaku penjabat Kepala Desa weoe, dalam menjalankan tugasnya penjabat Kepala Desa dimaksud dibantu oleh saudara YOSEF NAHAK dari Weulun sebagai juru tulis, dan posisi jabatan temukung atau kepala kampong diisi oleh anggota masyarakat desa Weoe lainnya. Pada bulan Juli 1967 atas usulan Fukun Katuas Des Weoe Saudara ALFONSISU BRIA ATOK dilantik menjadi Kepala Desa definitis oleh Bupati KDH Tingakat II Belu untuk masa jabatan 5 tahun kedepan. 

          Proses pemilihan Kepala Desa baru dilakssanakan pada awal tahun 1971 dan dalam pemilihan Kepala Desa perdana tersebut kembali saudara ALFONSIUS BRIA ATOK keluar sebagai Kepala Desa terpilih dan dilantik pada tanggal 18 Juli 1971 oleh Bupati KDH Tingkat II Belu.

Dalam sejarah kepemimpinan  Kepala Desa Weoe, telah terpilih beberapa putra terbaik untuk memimpin Desa Weoe yakni:

1. ALFONSIUS BRIA ATOK

1. Penjabat, 21 April 1966 s/d 8 Juni 1967
2. Kepala Desa Pertama 8 Juni 1967 s/d 18 Juni 1971
3. Kepala Desa Kedua 18 Juni 1971 s/d 28 Juni 1976

2. JONATAS TAE

Kepala Desa, 18 Juni 1976 s/d 24 Desember 1976 (meninggal 24 Desember 1976)

3. ANSELMUS NAHAK

Penjabat, Januari 1977 s/d 18 Juni 1978

4. PAULUS SERAN

1. Kepala Desa Pertama, 18n Juni 1978 s/d 16 Juni 1985
2. Kepala Desa Kedua, 16 Juni 1985 s/d 30 April 1994

5. ANDREAS NENO, SmHk

1. Kepala Desa pertama, 30 April 1994 s/d19 Mei 2002
2. Kepala Desa kedua, 16 Mei 2002 s/d 16 Maret 2004 (mengundurkan diri karena terpilih sebagai anggota DPRD Kabupaten Belu tahun 2004-2009 dari Partai Golkar)

6. GABRIEL NAHAK BRIA

Penjabat, 16 Maret 2004 s/d 16 Septembet 2005

7. WENSESLAUS SERAN TETIK

Penjabat, 16 September 2005 s/d 3 Maret 2007

8. Drs. PAULUS NAHAK FAHIK

Kepala Desa, 7 Maret 2007 s/d 3 april 2013

9. MAXIMUS ALOYSIUS BRIA

Kepala Desa, 3 April 2013 s/d 3 April 2019

10. AMANDUS BENEDIKTUS FAHIK

Penjabat, 3 April 2019 s/d 2021

11. Enos Teti Seran

Penjabat, 04 Januari 2022 s/d 14 Feb 2023

12. STEFANUS ALFRIDUS BRIA S.Pt

KEPALA DESA, 14 FEBRUARI 2023 s/d 2031